公司如果當年度有盈餘需要使用過去10年的虧損來抵當年度盈利，除了須符合所得稅法第39條的規定外，如果在虧損的年度裡有不計入所得額的投資收益時，那我們要先把這些免稅的投資收益從當年度虧損中扣除，然後才用剩下的虧損數額去抵減今年的盈利。也就是說，公司在計算盈虧互抵時可以使用過去10年的虧損來減少今年的盈利，但在這過程中也要考慮到那些免稅的投資收益。
[以下是新聞稿原文]
公司組織之營利事業適用盈虧互抵時，虧損年度如有不計入所得額課稅之投資收益時，其虧損金額應先減除虧損年度之投資收益後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
該局說明，依財政部66年3月9日台財稅第31580號函規定，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前10年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
該局近日查核110年度營利事業所得稅結算申報案件時，發現A公司經會計師查核簽證申報全年所得額為300萬元，扣除前10年核定虧損扣除額250萬元(係109年度虧損金額)，申報課稅所得額為50萬元。經查核發現A公司109年度經核定虧損250萬元，該年度不計入所得額課稅之投資收益為200萬元，故109年度可扣除之虧損餘額應為50萬元(250萬元-200萬元)，核定A公司110年度課稅所得額為250萬元(300萬元-50萬元)，調整後課稅所得額增加200萬元，補稅40萬元【(250萬元-50萬元)*20%】並加計利息發單補徵。
| 項目 | 110年度 結算申報金額 | 110年度 核定金額 | 調整金額 |
| 53 全年所得額 | 300萬元 | 300萬元 | |
| 55 前10年核定虧損本年度扣除額 | 250萬元 | 50萬元 | -200萬元 |
| 59課稅所得額 | 50萬元 | 250萬元 | 200萬元 |
| 60 應納稅額 | 10萬元 | 50萬元 | 40萬元 |
該局特別提醒，公司組織之營利事業，若要適用所得稅法第39條第1項但書規定之盈虧互抵，須會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報，方可適用前10年虧損扣除之規定；如虧損年度有不計入所得額課稅之投資收益，虧損金額亦應先減除虧損年度之投資收益，以其餘額，自純益額中扣除，以免因未將投資收益先抵減虧損金額，致多報前10年核定虧損扣除額，而遭補徵稅款並加計利息。民眾如有疑義，可撥打免費服務電話0800-000-321洽詢，或至該局網站(https://www.ntbk.gov.tw)利用國稅智慧客服「國稅小幫手」線上查詢。
